Em julho de 1944, Visconti sofre um assalto em seu atelier da Av. Mem de Sá. Foi encontrado desacordado, ferido na cabeça e sem os seus pertences – relógio, documentos de identidade e dinheiro. Quando pôde falar, Visconti afirmou ter sido procurado por dois homens que lhe teriam oferecido frutas e com os quais teria conversado por algum tempo. Depois disso, não se recordava de nada, presumindo-se que tenha sido atacado pelas costas. Durante dois meses permaneceu Eliseu Visconti em agonia, dos quais quinze dias inconsciente, encerrado em uma câmara de respiração artificial.
Surpreendentemente, ergueu-se novamente por cerca de três semanas. Em entrevista ao jornal O Globo, confirmou a agressão e prometeu empenho para elucidar o crime. Lúcido, cheio de idéias e planos, inquieto e, com certeza, ávido por novas experiências, repetia a todo instante a seus familiares: “Nasci de novo! Agora é que vou começar a pintar, vocês vão ver!”
Agia como se toda a obra que produziu ainda não o tivesse satisfeito. Dirigiu-se novamente ao seu atelier, subindo sozinho as escadas e lá, segundo testemunho de Frederico Barata, que o acompanhou nesta última viagem ao seu templo, “parecia que se transmudara por efeito de um milagre. Só para aquele mundo lhe valia realmente a vida.” A ressurreição no entanto durou pouco. Após recaída, falece o artista em 15 de outubro de 1944, aos 78 anos de idade.